Boğaziçi Üniversitesi’nin rektörlük koltuğuna oturduğunda değişimin adayıydı. Bu bilinmesine rağmen, yine de hem üniversite içinde hem de dışında giyim tarzı, rahatlığı ve bakış açısıyla yadırgandı. Boğaziçi’nin ilk kadın rektörü Prof. Dr. Ayşe Soysal, bu görevde yalnızca dört yıl kalabildi. Bu sürede Ermeni Konferansı, türban gibi krizlerden rahatlıkla sıyrıldı.