2008 yılında Sakaryaspor'dan bonservissiz olarak Gençlerbirliği'ne transfer olan Pektemek, 2008 - 2009 sezonunda ayak kırılması sebebiyle 55 gün formasından uzak kaldı. Deneyimli oyuncu bu süre zarfında, 6 maç kaçırdı. Pektemek, 2010 - 2011 sezonunda ise yine Gençlerbirliği'ndeyken, üst bacak kemiği ile alt bacak kemiğini birbirine bağlayan bağın yırtılması nedeniyle 184 gün sahalardan uzak kaldı ve bu sürede 26 maç kaçırdı.