2003-2004 sezonunda
Beşiktaş'ta PAF takımdan (A) takıma yükselen Serdar, o sezonda sadece 2 maçta görev aldı. 2004-2005 sezonunda da yine 2 maçta görev alan Serdar, 2005-2006 sezonunda Akçaabat Sebatspor, 2006-2007 sezonunda ise Samsunspor'da kiralık oynadı.
2007-2008 sezonunda yeniden Beşiktaş'a dönen Serdar Özkan, siyah-beyazlı formayla en başarılı yılını geçirdi. Ligde 30 maçta görev alan Serdar, rakip fileleri 4 kez havalandırdı.
2008-2009 sezonunda bu kez ligde 25 maçta forma giyen Serdar 1 gol atarken, geçen sezon ise beklenen performansını sahaya yansıtamadı.
2009-2010 sezonunda sadece 12 maçta görev alabilen Serdar, gol atmayı da başaramazken, bazı maçlarda taraftarlarla girdiği polemiklerle gündeme geldi.
Böylece Serdar, Beşiktaş serüveninde 71 kez lig maçına çıkarken, toplam 5 gol attı.