Genelkurmay Başkanlığı hukukçularının Cumhurbaşkanı Abdullah Gül için hazırladıkları raporda, askerlere sivil yargı yolunu açan düzenlemenin Anayasa’nın askeri yargının görev alanını düzenleyen 145’inci maddesine aykırı olduğu savunuldu.
Raporda ayrıca, yeni yasanın, mevcut Askeri Ceza Kanunu ile Askeri Mahkemelerin Kuruluş ve Yargılama Usulü Kanunu’yla çeliştiği görüşüne yer verildi. Raporda, Askeri Mahkemelerin Kuruluş ve Yargılama Usulü Kanunu’nun 15’inci maddesine göre general ve amirallerin yargılama yeri olarak açıkça
Genelkurmay Askeri Mahkemesi’nin gösterildiği, aynı yasanın 95’inci maddesinin de "Ağır ceza mahkemesinin görevine giren suçlar veya gecikmesinde sakınca umulan hallerde askeri savcılar derhal soruşturmaya başlarlar" hükmünü içerdiği anımsatıldı. Bu hükümlerin halen yürürlükte olduğu ve CMK’nin yeni maddesi ile çelişeceği, hangi maddenin uygulanacağı konusunda askeri-sivil yargı arasında uygulamada çatışma çıkabileceği kaydedildi.
