Kale içinde yerli ve yabancı turistlerin en çok dikkatini çeken mekanlardan biri de "Batık Gemi Müzesi". Araştırmalar, 1967’de balçığa gömülü olarak bulunan geminin, 80 yıl hizmet verdikten sonra milattan önce 300'lü yıllarda açık denizde yakalandığı fırtına sonucu eski Girne Limanı açıklarında battığını ortaya koyuyor. Dünyanın en eski batık gemilerinden birinin sergilendiği müzede bu geminin çıkarılma öyküsünün fotoğrafları sergilenirken, diğer odada ise özel bir havalandırma sistemiyle korunan geminin kendisi bulunuyor.